W 1991 roku pasmo zawodowych sukcesów przerwała tragiczna śmierć syna. Po tym wypadku Clapton wycofał się z życia publicznego, by powrócić po 9 miesiącach poświęconą pamięci synka balladą "Tears in Heaven". Utwór znajdujący się na płycie zarejestrowanej podczas występu dla MTV, zatytułowanej "Unplugged". Od tego momentu Clapton zwolnił nieco tempo.
W 2000 roku muzyk złożył hołd swojemu muzycznemu idolowi B.B. Kingowi. Obaj wielcy artyści postanowili wspólnie zagrać utwory, które niegdyś nagrali samodzielnie. Tak powstał album "B.B. King And Eric Clapton - Riding With The King". Rok później ukazała się płyta "Raptile". W roku 2002 na rynek trafiło koncertowe wydawnictwo "One More Car, One More Rider", złożone z dwóch płyt CD oraz płyty DVD. Znalazły się tam zarówno nowsze utwory Claptona jak choćby "My Father's Eyes" czy "Tears In Heaven" jak też wielki hity - "Cocaine", "Layla".
