Urodził się 6 września 1943 roku w angielskim Great Bookham, Surrey. Razem z Sydem Barrettem uczęszczał wpierw do Morley Memorial Junior School, potem do Cambridgeshire High School for Boys. Z widzenia znał też Davida Gilmoura, gdyż ten chodził do The Perse School znajdującej się na tej samej ulicy. Podczas studiów na Wydziale Architektury Regent Street Polytechnic poznał Nicka Masona i Richarda Wrighta.
W 1965 roku, wspólnie z Barrettem, Wrightem i Masonem założył zespół Pink Floyd. Choć niewątpliwym frontmanem był Syd, odpowiedzialny w grupie za teksty piosenek, to jednak już na pierwszej płycie „The Piper at the Gates of Dawn” Waters umieścił kompozycję z autorskimi słowami – „Take Up Thy Stethoscope and Walk”.
Jego ulubionym instrumentem do dziś pozostaje gitara basowa Fender Precision, na której zazwyczaj gra za pomocą kostki, jedynie czasami używa samych palców. Nie ogranicza się jednak tylko do tego jednego instrumentu – na płytach „Wish You Were Here” oraz „The Animals” używał gitary elektrycznej, rytmicznej oraz syntezatorów, nie wspominając już o eksperymentach dźwiękowych z użyciem loopów i sampli. Podczas występów na żywo sięga natomiast chętnie po gitarę akustyczną. Rogerowi życzymy, by jak najdłużej sięgał po gitarę, a fanom zespołu dedykujemy dotąd nie widziany teledysk grupy Pink Floyd "Grantchester Meadows", który w sieci ukazał się kilka dni temu.